Истоки транспортной полиции берут начало в октябре 1837 года, с момента официального открытия железной дороги Петербург-Царское Село и начала бурного строительства железных дорог по всей стране.
Строительство и эксплуатация железных дорог сопровождалось резким осложнением оперативной обстановки: ростом количества преступлений против личности краж груза и багажа, коррупции и казнокрадства.
В связи с тем, что железные дороги проходили по территории различных губерний, нередко на удалении от населенных пунктов, местная полиция не могла эффективно обеспечить на них правопорядок.
С учетом этого на дорогах был введен особый полицейский надзор в виде жандармских команд и эскадронов, а 27 июля 1861 года было введено в действие Высочайше утвержденное «Положение о жандармских полицейских управлениях С.-Петербурго-Варшавской и Московско-Нижегородских железных дорог». С этого периода можно говорить о жандармской железнодорожной полиции, как о самостоятельном институте обеспечения правопорядка на железнодорожном транспорте, основанном на линейном принципе организации и обслуживании объектов, и централизованном подчинении единому органу управления в системе Министерства внутренних дел.
18 февраля 1919 года декретом ВЦИК для поддержания порядка на всех железных дорогах РСФСР была создана рабоче-крестьянская железнодорожная милиция в составе Народного комиссариата внутренних дел. С этого дня началась круглосуточная вахта на вокзалах, станциях, поездах и парках органов внутренних дел на транспорте с целью обеспечения безопасности пассажиров, защиты грузов от преступных посягательств.
Создание милиции на воздушном транспорте диктовалось необходимостью борьбы с резко участившимися преступлениями на авиалиниях. В начале 70-х годов по миру прокатилась волна нового вида преступлений - воздушного терроризма. Гражданские воздушные суда и объекты воздушного транспорта все чаще становились полем деятельности преступников. После чрезвычайного происшествия в Сухумском аэропорту,  когда террористы, захватившие воздушное судно, убили бортпроводницу Надежду Курченко, Правительство страны приняло решение о создании подразделений воздушной милиции.
Первая водная полиция в составе МВД Российской Империи появилась в июне 1867 году. Она осуществляла надзор за объектами водного транспорта, проводила осмотры и освидетельствование судов, пристаней. Спустя 13 лет в Нижнем Новгороде и Рыбинске была образована речная полиция для наблюдения за прилегающими к этим городам водами «в полицейском и санитарном отношении». В 1891 г. в портовых городах была учреждена «портовая полиция».
В течении последующих десятилетий полиция на водном транспорте неоднократно переименовывалась и преобразовывалась. В современном виде она появилась после образования в 1980 г. Главного управления внутренних дел на транспорте МВД СССР. Подразделения водной милиции стали подчиняться УВДТ, затем УТ МВД России по Федеральным округам.
Участки оперативного обслуживания управлений на транспорте МВД России по федеральным округам, Восточно-Сибирского и Забайкальского линейных управлений МВД России на транспорте (ОВДТ) расположены на территории 8 федеральных округов Российской Федерации - Центрального, Северо-Западного, Южного, Приволжского, Уральского, Сибирского, Дальневосточного, Северо-Кавказского.
В оперативном обслуживании ОВДТ находятся объекты железнодорожного, воздушного, речного и морского транспорта.
На участках оперативного обслуживания линейных подразделений расположены объекты железнодорожного транспорта 27 железных дорог, эксплуатационная длина которых составляет свыше 113 тыс. км.
В оперативном обслуживании подразделений «воздушной» полиции находятся объекты транспортного комплекса, расположенные в 143 аэропортах, 79 из которых имеют статус международных и 13 – федерального значения.
В зоне оперативного обслуживания ОВДТ находятся 33 речных, 8 морских пароходств, 86 речных и 66 морских портов и судоходные части рек протяженностью свыше 69 тыс. км.