На рубеже 90-х годов в России сложилась новая общественно-политическая обстановка. В 1990 году Съездом народных депутатов РСФСР была принята Декларация о суверенитете, одним из ключевых положений которой явилось провозглашение приоритета российского законодательства над законодательством Союза ССР. Среди первых законопроектов социальной направленности был проект закона РСФСР «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения».

В соответствии с Законом РСФСР «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения» (19.04.1991) и постановлением Совмина РСФСР от 19.06.91 № 343 в составе правительства был образован Государственный комитет санитарно-эпидемиологического надзора РСФСР (Госкомсанэпиднадзор).

Важнейшим положением Закона, определившего систему организации и функционирования Госсанэпиднадзора РСФСР, явилось построение его организационной структуры по иерархическому принципу, централизация функционального, административного и финансового управления на федеральном уровне. В 1991 г. было утверждено первое Положение о Государственной санитарно-эпидемиологической службе РСФСР (постановление Совмина РСФСР от 01.07.1991 № 375), во исполнение которого санитарно-эпидемиологические, дезинфекционные станции, научно-исследовательские и другие учреждения гигиенического и эпидемиологического профиля, а также предприятия по производству медицинских иммунобиологических препаратов передавались в подчинение Госкомсанэпиднадзору РСФСР. Этим постановлением санитарно-эпидемиологические станции получили новое наименование – центры государственного санитарно-эпидемиологического надзора (центры Госкомсанэпиднадзора). После распада Союза ССР в систему службы вошли также противочумные станции и другие санитарно-эпидемиологические организации Минздрава СССР. К 1 января 1992 г. в России вместо санэпидслужбы, являющейся фактически организацией муниципального уровня, была сформирована Государственная санитарно-эпидемиологическая служба России.

В конце 1991 г. Госкомсанэпиднадзор РСФСР и возглавляемая им госсанэпидслужба были выведены из состава правительства и переданы в ведение президента Российской Федерации. Этим шагом решалась задача придания федеральной службе, осуществляющей государственный санэпиднадзор практически во всех сферах жизнедеятельности человека, максимальной независимости и самостоятельности в реализации своих функций.

За короткий период были разработаны основные положения реформы, которые оформлены в Концепцию развития Государственной санитарно-эпидемиологической службы Российской Федерации, утвержденную в апреле 1992 года и одобренную впоследствии решением Правительства Российской Федерации (постановление от 1.04.93 № 264). В 1993 году в целях реализации указанной Концепции была принята федеральная целевая программа «Развитие Государственной санитарно-эпидемиологической службы РСФСР на период 1993–1995 гг.».

Серьезное внимание на первом этапе реформы уделялось совершенствованию системы управления госсанэпидслужбой, развитию принципов саморегулирования, созданию коллегиальных органов управления. Приказом Председателя Госкомсанэпиднадзора СССР от 19 сентября 1991 № 48 был создан Совет главных государственных санитарных врачей, деятельность которого позволяла обеспечивать баланс в реализации принципов единоначалия, коллегиального и корпоративного управления. Другим важнейшим направлением реформы госсанэпидслужбы стало осуществление мер по формированию санитарного законодательства России. В 1993 г. Госкомсанэпиднадзором России был проведен анализ состояния законодательства в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия населения и на его основе разработана и утверждена концепция и программа развития санитарного законодательства Российской Федерации, получившая поддержку Правительства Российской Федерации (поручение от 20.07.93 № ЮЯ-П12-25647).

Систему санитарного законодательства Российской Федерации образуют 8 специальных законов и отдельные положения в более чем в 100 других законодательных актах России.

Закон РСФСР «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения» существенно расширил содержание государственного санитарно-эпидемиологического надзора и определил новые функции госсанэпидслужбы, поставив перед ее учреждениями и специалистами новые задачи, среди которых приоритетное значение имеют создание и внедрение системы наблюдения, оценки и прогнозирования состояния здоровья населения в связи с неблагоприятным воздействием вредных или опасных факторов среды обитания человека, а также системы целевого планирования (программирования) мероприятий по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия населения.

В 1993–1994 гг. была осуществлена теоретическая и методологическая разработка основ системы государственного социально-гигиенического мониторинга, положение о котором было утверждено постановлением Правительства Российской Федерации от 6.10.94 № 1146.

Анализ санитарно-эпидемиологической обстановки в РСФСР позволил выявить такие проблемы как профилактика СПИДа, борьба с инфекционными заболеваниями управляемыми средствами иммунопрофилактики, санитарная охрана территории страны, оздоровление окружающей среды в экологически неблагополучных зонах, ликвидация последствий аварии на Чернобыльской АЭС, что позволило в 1993–1996 гг. Госкомсанэпиднадзору России совместно с заинтересованными министерствами и ведомствами разработать и реализовать федеральные целевые программы по этим направлениям.

Были внедрены в практику работы службы экономические механизмы решения приоритетных проблем обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения путем целевого планирования комплексных санитарно-профилактических мероприятий. Это направление деятельности стало одним из важнейших элементов участия госсанэпидслужбы в реализации государственной политики в части управления санитарно-эпидемиологической обстановкой.

Необходимо подчеркнуть, что именно в наиболее сложный период политических, экономических и социальных преобразований в России, приходящийся на начало 90-х годов, удалось привлечь внимание высших органов государственной власти и общественности к наиболее острым проблемам, получить соответствующую поддержку в решении многих сложных вопросов, сформировать адекватную складывающейся обстановке государственную политику в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия страны.